O treinamento intervalado de alta intensidade (HIIT) vem ganhando destaque por gerar adaptações morfofuncionais benéficas ao sistema cardiovascular. Dentre essas adaptações, a hipertrofia cardíaca (HC) fisiológica demonstra ser um importante marcador para melhora da capacidade física aeróbia, porém os mecanismos moleculares e as diferenças entre os sexos ainda não são bem compreendidos.Portanto, o objetivo do presente estudo foi caracterizar e comparar o perfil de HC fisiológica induzida pelo HIIT em machos e fêmeas. Quarenta ratos Wistar machos e fêmeas com 8 semanas de idade foram aleatoriamente divididos em quatro grupos: controle machos (CM) e fêmeas (CF) e treinados machos (TM) e fêmeas (TF). O protocolo HIIT teve duração de 10 semanas, com sessões de treino compostas por 7 séries de 4 minutos a 60% e 3 minutos a 80% da velocidade máxima atingida no teste de esforço. Após o protocolo de treinamento, avaliou-se teste de esforço, consumo de oxigênio, HC, angiogênese e conteúdo de colágeno (imunofluorescência e picrosirius), função (ecodopplercardiograma) e expressão de marcadores moleculares de HC patológica (RT-qPCR). O HIIT aumentou a distância percorrida no teste de esforço e no consumo de oxigênio para ambos os grupos treinados (TM: 889 ± 65m, 73 ± 21%; TF: 1604 ± 41m; 54 ± 10%) comparados aos seus respectivos controles (385 ± 6m; 746 ± 25; p<0,05). Observou-se HC após o treinamento para ambos os sexos, com aumento da massa do ventrículo esquerdo corrigida de 20% para TM e 15% para TF em comparação aos controles (p<0,05). Não foi observado diferenças entre os sexos (p>0,05). Não houve mudança em relação a função cardíaca. As análises histológicas demonstraram aumento na área dos cardiomiócitos de 65% no grupo TM e de 45% no grupo TF em comparação aos grupos controles (p<0,05). A HC foi acompanhada por maior razão capilar/fibra em ambos os grupos HIIT (TM: 43 ± 5%; TF: 30 ± 6%; em comparação aos respectivos controles; p<0,05). O conteúdo de colágeno não foi alterado entre os grupos. Para ambos os resultados não foram encontradas diferenças significantes entre os grupos HIIT. Como esperado, não foi observado diferenças na expressão gênica de α e β-MHC, ANF e α-actina esquelética nos grupos HIIT em comparação ao controle e entre os sexos. O HIIT foi capaz de melhorar a capacidade aeróbia em ambos os sexos, junto a um remodelamento cardíaco fisiológico similar entre os sexos, sem alteração de marcadores moleculares de HC patológica. Desta forma demonstrando que o efeito benéfico do HIIT ocorre igualmente independente do sexo.