Introdução: A Fibrilação Atrial (FA) é a arritmia supraventricular mais comum na prática clínica. Um a cada seis acidentes vasculares cerebrais ocorre em pacientes com FA, levando a necessidade de iniciar a terapia anticoagulante. A varfarina ainda é o Anticoagulante Oral (ACO) de escolha em diversas situações, porém, o benefício clínico e o risco da terapia com ACO estão associados com o tempo da Razão Normalizada Internacional (RNI). A farmacogenética é a ciência que prediz a resposta aos fármacos, baseando-se em marcadores genéticos individuais. Ao compreender a relação entre o genótipo e a resposta a um fármaco, a farmacogenômica tem potencial para ajudar os profissionais de saúde a predizer a dose terapêutica da varfarina. Objetivo: Desenvolver um protocolo de atendimento multidisciplinar baseado em algoritmo farmacogenético para pacientes com fibrilação atrial em uso de ACO. Método: Trata-se de um estudo metodológico que versou sobre a elaboração de protocolo para de ambulatório de anticoagulação de um hospital referência em cardiologia, na cidade de Recife, Pernambuco. O estudo foi aprovado no Comitê de Ética em Pesquisa sob CAAE: 77321024.4.0000.5192. Resultados: O protocolo desenvolvido foi organizado em 3 fases, 1. acolhimento do paciente, onde ocorre a coleta de dados clínicos (como peso, altura, cor, histórico pessoal, medicamentos) e coleta de sangue (para extração de DNA e detecção dos polimorfismos); 2. consulta multidisciplinar (com enfermeiro, médico, biomédico e farmacêutico), onde avaliam a RNI, a adesão, os polimorfismos e qual será a melhor dose semanal de acordo com o algoritmo farmacogenético; 3. reavaliação mensal, onde é o avaliada a adesão, a RNI e eventos adversos. O protocolo é uma ferramenta essencial para manter a organização eficiente, proporcionando um modelo adequado dos procedimentos que se deseja efetuar, de forma a criar padrões de acordo com os objetivos da instituição. A terapia guiada com base no genótipo propõe melhorar a segurança e a eficácia da terapia anticoagulante, levando a redução dos índices de complicações e da necessidade de internamento, entregando ao paciente uma abordagem mais precisa e personalizada, baseada na literatura, porém voltada para as necessidades individuais. Conclusões: O protocolo desenvolvido pode estabelecer uma abordagem inovadora para anticoagulação a partir do algoritmo baseado nos genótipos, melhorar a qualidade de vida do paciente com FA. A equipe multidisciplinar desempenha um papel essencial ao fornecer cuidados integrados e contribuir para o bem-estar do paciente.