Introdução: A doença cardiovascular (DCV) é a principal causa de mortalidade em todo o mundo. Sabe-se que as diferenças de gênero podem influenciar o risco cardiovascular em adultos, mas isso ainda não foi explorado em adolescentes. Além disso, a obesidade e o sobrepeso nesta fase da vida podem impactar negativamente na saúde cardiovascular do adulto. Objetivo: Investigar as diferenças no risco cardiometabólico entre adolescentes do sexo masculino e feminino em uma amostra representativa da população da cidade de São Paulo. Métodos: A população de referência foi selecionada do estudo ISA-Capital 2015. Foram avaliados as medidas antropométricas, a atividade física, o consumo de álcool e a pressão arterial. As citocinas inflamatórias, a adiponectina, a leptina e a insulina foram analisados por métodos comerciais padrão. O perfil lipídico foi analisado em sistema semi-automatizado, enquanto as subfrações de LDL e HDL foram determinadas no sistema Lipoprint®. Resultados: Foram analisados 271 adolescentes (130 meninos e 141 meninas) com média de idade 15,3±0,2 anos. A presença de sobrepeso foi maior em meninas [36,6% vs. 20,7%; p=0,018]. As meninas apresentaram uma razão CT/HDL-c mais alta [3,5 (0,10) vs. 3,2 (0,09), p=0,030] e LDL-c/HDL-c [2,1 (0,08) vs. 1,8 (0,07), p=0,038] do que os meninos. As meninas apresentaram menor conteúdo de partículas maiores de HDL (HDL2) e maior conteúdo de partículas pequenas (HDL9; p<0,05 para ambos), indicando pior distribuição nas subfrações de HDL. Além disso, as meninas apresentaram um perfil desfavorável quanto ao HOMA-IR, insulina e marcadores inflamatórios (PCR, leptina e TNF-α) (p<0,05), em comparação com os meninos. Essas diferenças foram explicadas parcialmente pelo excesso de peso, onde adolescentes com excesso de peso têm valores maiores de pressão arterial sistólica (B=7,890, p<0,001); TC/HDL-c (B=0,694, p<0,001); LDL-c/HDL-c (B=0,507, p<0,001); HOMA-IR (B=2,264, p<0,001); insulina (B=9,816, p<0,001); PCR (B=0,264, p<0,001) e leptina [B=4,757, p<0,001); no entanto, possuem menor valor de adiponectina (B=-16499,99, p<0,001). Conclusões: Adolescentes do sexo feminino apresentam um perfil cardiometabólico pior do que os meninos na mesma faixa etária, sendo esse perfil parcialmente associado ao excesso de peso (sobrepeso e obesidade). Em conjunto, esses resultados sinalizam para um maior risco cardiometabólico entre adolescentes do sexo feminino.